احمد خمینی پس از مرگ پدرش با رأی و نظر خویش رهگشای انتخاب سید علی خامنه‌ای به رهبری شد. بر اساس نظر سید علی خامنه‌ای عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای عالی امنیت ملیو شورای عالی انقلاب فرهنگی شد. عضویتش در نهادهای مذکور تا زمان مرگش ادامه داشت. او همچنین عضو هیئت امنای مرکزی کمیته امداد امام خمینی بود. او در همین زمان متنی بلند به نامرنج‌نامه در مورد توجیه عزل حسین‌علی منتظری از قائم مقامی رهبری منتشر کرد.