یش از پیروزی انقلاب اسلامی یکی از موثرترین روحانیون مشهد به شمار می‌رفت.

اندیشه‌‌های آیت الله خامنه‌ای در قالب مجموعه‌ای مفصل به نام حدیث ولایت جمع‌آوری شده است. کتاب‌های متعددی نیز به صورت موضوعی از سخنان و پیام‌های مکتوب وی گردآوری و منتشر شده است. چندین اثر مکتوب شامل تالیف و ترجمه از آیت الله خامنه‌ای منتشر شده که طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن مفصل‌ترین کتاب تالیفی، و صلح امام حسن مشهورترین ترجمه اوست.

مخالفت صریح با قمه‌زنی و برخی شکل‌های عزاداری، و تحریم توهین به مقدسات اهل‌سنت از فتاوای معروف و مؤثر او در جهان اسلام به شمار می‌رود. اصطلاحات تهاجم فرهنگی، بیداری اسلامی و اقتصاد مقاومتی از مفاهیمی است که در پی سخنرانی‌ها و تاکید‌های آیت الله خامنه‌ای وارد ادبیات سیاسی و اجتماعی ایران شده است.

آیت الله خامنه‌ای علاقمند به ادبیات است و با سبک‌های ادبی آشناست. او اشعاری نیز سروده و تخلص «‌امین‌» را برگزیده است. مطالعه کتب معتبر تاریخی بخشی از برنامه مطالعاتی دائمی وی است، به طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارد.