شهرت وی مدیون شناخت نقش باکتریها در بروز بیماری و کشف واکسن ضد هاری می‌باشد. همچنین عمل پاستوریزه‌کردن که از نام او گرفته شده، از ابداعات این دانشمند نامدار است. پاستور نخستین کسی است که پی به واگیردار بودن سیاه‌زخم گوسفندان برد.

پاستور در سن ۷۳ سالگی در اثر عوارض سکتهٔ مغزی که اولین مورد آن در ۱۸۶۸ اتفاق افتاد و باعث فلج شدن سمت چپ بدنش شد، درگذشت.