درباره مذهب خواجه نصیر، اقوال مختلفی وجود دارد؛ هرچند شواهد زیادی مبنی بر اثناعشری بودن او در دست است. خواجه نصیر نویسنده کتاب‌ها و رساله‌های بسیاری در علوم اخلاق، منطق، فلسفه، کلام، ریاضیات و نجوم است. اخلاق ناصری، اوصاف‌ الاشراف، اساس الاقتباس، شرح الاشارات، تجرید الاعتقاد، جامع الحساب و کتاب مشهور زیج ایلخانی و تذکرة فی علم الهیئة در علم نجوم از آثار مهم و مشهور او هستند. او همچنین رصدخانه مراغه و نیز کتابخانه مراغه را با بیش از ۴۰۰،۰۰۰ جلد کتاب بنا نهاد.

در ایران روز پنجم اسفندماه، سالروز تولد خواجه نصیر الدین طوسی، روز مهندس نام گذاری شده است.