او پس از پایان مقطع دکترا در سال ۱۳۷۶، حدود یک سال و نیم در پژوهشگاه دانش‌های بنیادی فعالیت کرده و پس از آن مدت دو سال در تریست ایتالیا و سه سال در دانشگاه استنفورد به تحقیق و فعالیت علمی و آموزشی اشتغال داشته است.

جایزه هرمن وایل در رشته ریاضی فیزیک در بیست و هفتمین دوره کنفرانس علمی دوسالانه روش‌های نظریه گروه‌ها در فیزیک به محمد مهدی شیخ جباری به پاس نقش مهم وی در زمینه درک فیزیک تقارنها اعطا شد.