او و برخی از اعضا هیئت‌های موتلفه اسلامی در ترور حسنعلی منصور نخست وزیر حکومت محمد رضا شاه شرکت داشتند و سپس او تا زمان سرنگونی رژیم شاه در زندان بود. مهدی عراقی پس از استقرار حکومت جمهوری اسلامی اولین مسئول زندان قصر تهران بود که خود به تازگی از آن آزاد شده بود. وی سرانجام توسط یکی از گروه‌های رادیکال به نام گروه فرقان در همان سال اول حکومت جمهوری اسلامی (۴ شهریور ۱۳۵۸) ترور شد.