وی نویسنده تفسیر المیزان، و کتاب‌های فلسفی بدایة الحکمة و نهایة الحکمة، و اصول فلسفه و روش رئالیسم است.

علامه، در حوزه علمیه قم به جای اشتغال به فقه و اصول، درس تفسیر قرآن و فلسفه برقرار کرد. این کار او موجب رونق دانش تفسیر در حوزه قم شد. روش تفسیری او تفسیر قرآن به قرآن بود. در دوران تعطیلی درس فلسفه، با برقراری جلسات هفتگی با شاگردان خاص خود تدریس مبانی فلسفی ملاصدرا و حکمت متعالیه را ادامه داد. بسیاری از مدرسان بعدی فلسفه در حوزه علمیه قم شاگردان او بودند.