وی دانش‌آموخته نجف و از شاگردان میرزای نایینی بود. پس از مهاجرت در مشهد، فقه، اصول و دروس معارف را تدریس کرد

میرزا مهدی اصفهانی در سال ۱۳۱۵ش، به سفارش رحیم ارباب به عتبات عالیات رفت و به نزد سید اسماعیل صدر رفت. سید اسماعیل صدر پس از وفات میرزای شیرازی به کربلا رفته بود و تا آخر عمر آنجا ماند.

میرزای اصفهانی در 14آبان سال ۱۳۶۵ش درگذشت. در دارالضیافة حرم امام رضا دفن شد.