وی قبلاً در جنگ ایران و عراق عضو سپاه پاسداران بوده است. وی قبل از انتخاب به عنوان فرمانده نیروی انتظامی به مدت ۹ ماه جانشین این فرماندهی بود.

حسین اشتری در تاریخ ۱۸ اسفند ۱۳۹۳ به عنوان فرمانده نیروی انتظامی معرفی شد، وی خرداد همان سال، جانشین فرمانده نیروی انتظامی شده بود که پیش از آن، رئیس پلیس اطلاعات و امنیت عمومی ناجا بود. وی مدتی نیز ریاست دانشگاه امام هادی سازمان حفاظت و اطلاعات سپاه پاسداران را برعهده داشت.حسین اشتری همچنین از فرماندهان سپاه پاسداران در دوران جنگ تحمیلی هشت ساله بوده است.