و نقش پررنگی در سرکوب مخالفان در تبریز و قم بر عهده داشت. پس از آغاز جنگ ایران و عراق وی به همراه یک گروه صد نفره با گذراندن آموزش‌های کوتاه به جبهه رفتند. وی پس از مدتی مسئول واحد شناسایی و بعد از آن مسئول واحد اطلاعات و عملیات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در دزفول و سوسنگرد شد و پس از مدتی به سمت فرماندهی تیپ علی ابن ابیطالب دست یافت.در ۲۷ آبان ۱۳۶۳ مهدی زین الدین همراه با برادرش به منظور شناسایی منطقه از کرمانشاه به سوی سردشت در حال حرکت با گروه‌های مسلح جدایی طلب درگیر شده و شهید شد. پیکر او در قطعه ۵ گلزار شهدای قم به خاک سپرده شد.