حائری سال‌های طولانی در حوزه علمیه کربلا، سامرا و نجف تحصیل کرد. او در سال ۱۳۳۳ق/۱۲۹۳ش برای همیشه به ایران بازگشت و در ابتدا به اداره حوزه علمیه اراک مشغول شد. آیت‌الله‌ حائری در سال ۱۳۴۰ق (۱۳۰۰ش) به دعوت عالمان قم، به آن شهر رفت و با شکل دادن به حوزه علمیه قم و بر عهده گرفتن ریاست آن، در قم ماندگار شد.

حائری در دوران ریاست حوزه قم بیش از هر چیز به برنامه‌ریزی برای تثبیت و پیشرفت حوزه می‌اندیشید. تحول در روش‌های آموزش در حوزه، تخصصی شدن ابواب فقه، توسعه دامنه معلومات دانش‌پژوهان حوزه، حتی آموزش زبان‌های خارجی، و به طور خلاصه تربیت محقق و مجتهد، از برنامه‌های او بود.