سیّد احمد خاتمی در سال ۱۳۵۱ تحصیل علوم حوزوی را در مدرسه علمیه صادقیه سمنان آغاز کرد و در سال ۱۳۵۴ به حوزه علمیه قم رفت. او هم‌اکنون به تدریس برخی از دروس فقهی مشغول است.

سید احمد خاتمی هم اکنون عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، عضو کمیسیون حوزه آن جامعه، نماینده مردم کرمان در مجلس خبرگان رهبری، عضو هیئت رئیسه مجلس خبرگان، عضو هیئت مدیره مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی، عضو شورایعالی مجمع جهانی اهل بیت، عضو شورای سیاستگذاری فرهنگی آن مجمع می‌باشد.