تقسیم آب زاینده رود به محلات اصفهان و روستاهای مجاور رودخانه، ساخت گلخن گرمابه‌ای است که هنوز در اصفهان مانده معروف به حمام شیخ بهایی و طراحی منار جنبان اصفهان که هم اکنون نیز پا برجاست به او نسبت داده می‌شود. همچنین طرح‌ریزی کاریز نجف آباد-اصفهان است که به نام قنات زرین کمر، (یکی از بزرگترین کاریزهای ایران) و معماری مسجد شاه اصفهان و مهندسی حصار نجف و شاخص تعیین اوقات شرعی (ساعت آفتابی در مغرب مسجد شاه) را به او نسبت می‌دهند.
بنا به روایتی شیخ بهایی را احتمالاً بنیانگذار تهیه نان سنگک، حلواشکری و فرنی می‌دانند.