مهدی باکری در مدت کوتاهی مدارج ترقی را در جبهه طی کرد. در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف توانست در کسب پیروزی مؤثر باشد. در همان عملیات از ناحیه چشم مجروح شد. پس از بهبود به جبهه بازگشت و در عملیات‌هایی چون عملیات بیت‌المقدس، رمضان، مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر ۱ تا چهار و عملیات خیبر در سمت‌های مختلف شرکت کرد. در مجموعه عملیاتهای والفجر با عنوان فرمانده لشکر عاشورا در جبهه حضور داشت.

در عملیات خیبر به مهدی باکری خبر داده شد که برادرت کشته شده است و می‌خواهیم پیکرش را برگردانیم؛ ولی مهدی اجازه نداد و از پشت بی‌سیم این جمله تاریخی را به زبان آورد: «همهٔ آن‌ها برادرای من هستند اگر تونستید همه را برگردونید حمید را هم بیاورید». او بعد از درگذشت برادرش با خانواده اش تماس گرفت و به آن‌ها گفت: «شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده‌است».